若使用默认反应条件反应性能不佳时,则需要进行反应条件的优化,可以从引物浓度以及扩增程序两个方面进行:
1:引物浓度调整:当引物终浓度在0.1-1.0μM范围之间变化时,引物浓度越低, 扩增特异性越高,但扩增效率会有所下降。
2:扩增程序优化:需提高扩增特异性,可使用两步法程序或提高退火温度;需提高扩增效率,可使用三步法程序或延长延伸时间。
二:引物设计原则
1:扩增产物长度建议控制在 80~200 bp;引物长度为 18-25 bp。
2:正向引物和反向引物的 Tm 值相差不超过 1℃为佳,Tm值控制在58-62℃为佳。
3:引物的 GC 含量控制在 40%-60% 之间;引物 3' 端最后一个碱基最好为G或者 C。
4:引物 A、G、C、T 整体分布尽量要均匀,避开 T/C 或者 A/G 的连续结构(特别是 3' 端)。
5:避开引物内部或者两条引物之间的互补序列。
6:使用NCBI BLAST功能检索确认引物的特异性。
三:建议PCR反应体系(见说明书表1,以50μL反应体系为例,反应液配制请在冰上进行)
四:qPCR 反应程序(见说明书表2,可根据机型适当调整)
本制品是采用Super Green(~Sybr Green)嵌合荧光法进行Real Time PCR的专用试剂,为 2× 预混液。已经将DNA聚合酶、dNTP、特殊稳定剂、优化的反应缓冲液、BSA和SYBR Green I等试剂预混成一种适合Real Time PCR反应检测用2×Premix Type试剂, 使用时只需加入模板、引物和水,可减少操作步骤,缩短加样时间,降低污染几率, 具有灵敏度高、特异性强、稳定性好等特点。其核心组分是抗体修饰的热启动 Taq DNA 聚合酶,配合精心优化的Buffer体系,有效抑制非特异性扩增,可对宽广浓度范围的模板进行准确定量,获得稳定可靠的 qPCR 结果,可在宽广的定量区域内得到良好的标准曲线,对目的基因进行准确定量检测,重复性好,可信度高。
2:本制品含Super Green I 强光下易分解,降低灵敏度,使用时避免长时间强光照射本制品。
3:建议在冰上配制PCR反应液,再放入PCR仪器中扩增。可以提高扩增特异性,减少背景。
4:使用前上下颠倒轻轻混匀 Mix,请勿涡旋振荡混匀,避免产生过多气泡。
5:推荐的引物终浓度为 0.2μM,可在 0.1-1μM 范围内优化。
本计算器可帮助您计算出特定溶液中溶质的质量、溶液浓度和体积之间的关系,公式为:
质量 (g) = 浓度 (mol/L) x 体积 (L) x 分子量 (g/mol)
摩尔浓度计算公式
用本工具协助配置特定浓度的溶液,使用的计算公式为:
开始浓度 x 开始体积 = 最终浓度 x 最终体积
稀释公式
稀释公式一般简略地表示为:C1V1 = C2V2 ( 输入 输出 )